زمانیکه در ۱۲ ژوئن ۲۰۰۷ مقادیری مواد منفجره در خانه یکی از نظامیان در شهر عمرانیه ترکیه کشف شد ، کمتر کسی فکر می کرد که این موضوع منجر به سلسله بازداشتهای گسترده در ترکیه و آشکارشدن فعالیت گروهی سری به نام تشکیلات ارگنه کن خواهد شد.اما حدود یک سال بعد ۸۶ نفر به اتهام عضویت در گروه ارگنه کن دستگیر شدند . سه تن از دادستانهای برجسته دادگستری بشیکتاش استانبول در دادخواست ۲ هزار ۴۵۵ صفحه ای عضویت در سازمان تروریستی مسلحانه، کمک به سازمان تروریستی مسلحانه ، تلاش برای نابودی حکومت جمهوری ترکیه با استفاده از خشونت و زور ، تحریک مردم به شورش مسلحانه برای مقابله با حکومت ترکیه، به همراه داشتن مواد منفجره و استفاده از آنها، پرتاب مواد منفجره به دفتر دیوان اداری و روزنامه جمهوریت ، تشویق نظامیان به سرپیچی از قانون و ایجاد تفرقه و مواردی از این قبیل را از جمله اتهامات ۸۶ مظنون این پرونده اعلام کردند. اولین جلسه رسیدگی به متهمین این پرونده ۲۰ اکتبر سال ۲۰۰۸ برگزار شد و این جلسات تا اتمام مراحل بازجویی ۸۶ مظنون این پرونده که ۴۷ نفرشان بازداشتی است ادامه خواهد داشت .در جدید ترین تحول رسانه های ترکیه از بازداشت ۳۷ تن دیگر از شخصیت های سیاسی ، نظامی ، دانشگاهی و قضایی این کشور به اتهام همکاری با این گروه خبر دادند. این افراد در عملیات همزمان پلیس ترکیه در شهرهای آنکارا ، استانبول ، بالیک اسیر ، ازمیر ،‌سیواس ، توکات و کایسری بازداشت شدند. در بین بازداشت شدگان نام سه ژنرال سابق ارتش شامل ارتشبد بازنشسته ” تونجر کلینچ ” دبیرکل سابق شورای امنیت ملی ترکیه، سرلشکر بازنشسته ” اردال شنر” مشاورعالی سابق ستاد فرماندهی ارتش ؛ ژنرال بازنشسته ” کمال یاوز” فرمانده سابق دانشکده جنگ و هشت افسر دیگر دیده می شود. این در شرایطی است که ژنرال بازنشسته “ولی کوچک” بهمراه ایلهان سلجوق سردبیر روزنامه جمهوریت و کمال علمدار اوغلو رییس سابق دانشگاه استانبول نیز در زندان بسر می برند.بر اساس این گزارش منزل صاباح کاناد اوغلو دادستان کل سابق ترکیه نیز به مدت چند ساعت از سوی نیروهای امنیتی ترکیه مورد بازرسی قرار گرفت ، اما وی بازداشت نشد. دادستانی استانبول دستور بازداشت بدرالدین دالان شهردار اسبق استانبول را که در حال حاضر در آمریکا بسر میبرد را نیز صادر کرده است. از وی به عنوان یکی از سران گروه ارگنه کن نام برده میشود. بازداشت متهمان پرونده ارگنه کن سال گذشته همزمان با مطرح شدن پرونده انحلال حزب عدالت وتوسعه در دادگاه قانون اساسی ترکیه ، به اوج خود رسید ، اما این موضوع بعد از پایان بررسی این پرونده برای مدتی فروکش کرد.اما دولت ارتباط این دو پرونده با یکدیگر را انکار کرده است . رسانه های ترکیه بازداشت ۳۷ تن دیگر از متهمان به عضویت در ارگنه کن را بعنوان موجی جدید و حساس از تحولات آینده ترکیه ارزیابی کرده اند.در حالیکه رسانه های ترکیه اعلام کردند که بازداشت این افراد پس از موافقت ستاد ارتش ترکیه صورت گرفته است اما ارتشبد ایلکر باشبوغ رییس ستاد ارتش ترکیه و فرماندهان بلندپایه ستاد ارتش این کشور در پی بازداشت این تعداد نظامی که در طول تاریخ جمهوری ترکیه بی سابقه است، در مقر ستاد ارتش تشکیل جلسه دادند. ژنرال “ایلکر باشبوغ” رییس ستاد ارتش ترکیه همچنین به طور غیرمنتظره با “رجب طیب اردوغان”‌ نخست وزیر این کشور و عبدالله گل رئیس جمهوری دیدار کرد. اگر چه از جزییات این نشست ملاقات ها خبری منتشر نشده است ، اما بنظر می رسدارتش ترکیه در این خصوص ادامه این روند به دولت هشدار داده است. از نظر محافل سیاسی ترکیه ادامه بررسی پرونده ارگنه می تواند وجهه نظامیان ومحافل لائیک در ترکیه را شدت مخدوش کند . چرا که اگر چه دیدگاههای مختلفی در خصوص ماهیت گروه ارگنه کن در ترکیه مطرح است ، اما برخی از محافل سیاسی ترکیه ارگنه کن را معادل ” دولت سایه ” در ترکیه عنوان می کنند .
دولت سایه در ترکیه به نهادهای قدرتمند انتصابی و نیز ارتش و محافل تندرو لائیک اطلاق می شود . پرونده ارگنه کن در ترکیه به پرونده قرن لقب گرفته است و نحوه به فرجام رساندن آن یکی از چالش های جدی دولت اردوغان می باشد بویژه اینکه این پرونده علاوه بر ابعاد داخلی ،ابعاد خارجی نیز دارد و پیش از این برخی از مطبوعات ترکیه از ارتباط موساد با ارگنه کن خبر داده اند.