تصویب قانون جنجالی آزادی وجدان و اتحادیه های دینی در تاجیکستان اعتراض های گسترده ای در این کشور ایجاد کرده است . محمد شریف همت زاده روحانی سرشناس و از اعضای برجسته حزب نهضت اسلامی تاجیکستان در اعتراض به برخی از بندهای قانون جدید آزادی وجدان از نمایندگی مجلس نمایندگان استعفا داد.بگفته “سیف الله زاده” سخنگوی حزب نهضت اسلامی تاجیکستان، ” همت زاده” پس از انتشار یک مقاله انتقادی درباره قانون آزادی وجدان و اتحادیه های دینی توسط مقامات دولتی تحت فشار قرار گرفت و با دستور رئیس مجلس از مزایای نمایندگی محروم شد. محمد علی هیئت معاون حزب نهضت اسلامی تاجیکستان اظهارات مقامات دولتی درباره استفاده از پیشنهادات این حزب در تصویب قانون آزادی وجدان را بی اساس خواند و افزود: در قانون جدید حتی یک کلمه هم از پیشنهادات حزب نهضت اسلامی استفاده نشده است.
بیش از ۹۰ درصد از جمعیت هفت میلیون و دویست هزار نفری تاجیکستان را مسلمانان تشکیل می دهند که در دوره فشارها و سیطره هفتاد ساله کمونیست ها آموزه ها و شعائر اسلامی را حفظ کرده اند . آنها انتظار داشتنند که بعد از استقلال تاجیکستان فضای فعالیت های دینی درکشورشان فراهم شود. اما قانون جدید آزادی وجدان و اتحادیه دینی بدبینی گسترده ای در افکار عمومی ایجاد کرده است. چرا که این قانون عملا محدودیت هایی برای فعالیتهای دینی مسلمانان ایجاد کرده است. بعنوان نمونه بند بیستم این قانون ادای فریضه نماز را در ادارات، کارخانه ها و مراکز دولتی و آموزشی ممنوع کرده و دوره های آموزش قرآن نیز فقط در مساجد مرکزی و جامع و با نظارت وزارت معارف مجاز شمرده شده است. بدین ترتیب در مناطقی که مردم از داشتن مسجد جامع محروم هستند برگزاری دوره های آموزش قرآن ممنوع است.واقعیت این است که بعد از حادثه یازدهم سپتامبر برخی از کشورهای آسیای مرکزی همسو با خواست امریکا و کشورهای غربی و به بهانه مقابله با تروریسم و افراط گرایی، به مقابله با آموزه ها و گروه های اسلامی پرداختند. در این راستا آنچه حساسیت ها را به قانون جدید آزادی وجدان و اتحادیه دینی تاجیکستان افزایش داده است، اقدامات سالهای گذشته دولت دوشنبه در ممنوع کردن ورود دانش آموزان و دانشجویان محجبه به مراکز آموزشی، تهدید به تخریب تعدادی از مساجد به بهانه ثبت نشدن آنها و نیز فشار بر مراکز و موسسات اسلامی است. شکی نیست که ایجاد محدودیت علیه مسلمانان که اکثریت مردم تاجیکستان را تشکیل می دهند، می تواند وفاق ملی در این کشور را بخطر بیندازد. تاجکیستان یکبار در سالهای ۱۹۹۲ تا ۱۹۹۷ شاهد بی ثباتی سیاسی بوده و دشمنان این کشور تلاش دارند که آن تجربه تلخ که به کشته شدن حدود پنجاه هزارنفر انجامید،احیاء کنند.چنانچه عبدالله نوری رهبر سابق و فقید نهضت اسلامی تاجیکستان گفته است یکی ازبرتری های دولت دوشنبه این است که با آن یک حزبی که ماهیت دینی دارد یعنی حزب نهضت اسلامی همکاری و فعالیت می کند. با توجه به این موضوع انتقادات حزب نهضت اسلامی از قانون جدید آزادی وجدان و اتحادیه های دینی و استعفای همت زاده از نمایندگی مجلس قابل تامل است. از سوی دیگر این نگرانی وجود دارد که گسترش محدودیت های علیه مسلمانان زمینه را برای پیشبرد اهداف گروههای افراطی مانند طالبان و القاعده در تاجیکستان فراهم سازد. با توجه به مرز حدوداً ۱۴۰۰ کیلومتری تاجیکستان با افغانستان این گروههای افراطی به تاجیکستان به عنوان پایگاهی بالقوه برای خود نگاه می کنند و تلاش دارند از ضعف های موجود در راستای اهداف خود حداکثر استفاده را ببرند. در چنین شرایطی این انتظار وجود دارد که نهادهای دولتی تاجیکستان برای کمک به وفاق و وحدت ملی توجه بیشتری به خواسته های اکثریت مردم ونیز پیشنهادات گروههای مذهبی مهمی نظیر نهضت اسلامی تاجیکستان بکنند . بویژه اینکه در قانون جدید آزادی وجدان به افزایش روزافزون فعالیت گروههای ضاله مذهبی از جمله وهابی و نیز گروههای مسیونری از جمله شاهدان یهوه که به اذعان مقامات دوشنبه نیز، تهدید محسوب می شوند، توجه جدی نشده است.