مناقشه شانزده ساله قره باغ را بجرات می توان یکی از پیچیده ترین مناقشات قومی و ارضی در جهان عنوان کرد. از سال ۱۹۸۸ که با درخواست شورایعالی قره باغ برای الحاق به ارمنستان جرقه بحران در منطقه زده شد، تاکنون نه تنها این مناقشه حل نشده، بلکه بنظر می رسد شرایط تجزیه طلبی در منطقه در حال تثبیت شدن است. این موضوع این سوال را مطرح می کند که چه عواملی موجب لاینحل ماندن مناقشه قره باغ شده است. در پاسخ به این سوال می توان به طیف گسترده ای از عوامل درون منطقه ای، برون منطقه ای و نیز عوامل ژئوپلتیکی اشاره کرد. موقعیت ژئوپلتیک و ژئواکونومیک قره باغ چه برای ارامنه و چه برای آذریها، از جمله مشرف بودن بر دشت آذربایجان و نیز داشتن معادن فلزات گرانبها و مراتع حاصلخیز یکی از علل لاینحل ماندن مناقشه قره باغ است. بر این مجموعه باید ذهنیت تاریخی منفی ارامنه و آذریها بویژه طرح مسایلی نظیر کشتار ۲۴ آوریل و فاجعه خوجالی و وجود گروههای افراطی ذینفوذ در دو کشور از جمله جبهه خلق در جمهوری آذربایجان و داشناک در ارمنستان و نیز تضادهای فرهنگی دو ملت را افزود. در عین حال تضاد ظاهری دو اصل پذیرفته شده حقوق بین الملل یعنی اصل احترام به تمامیت ارضی کشورها و اصل حق ملل برای تعیین سرنوشت خود به همراه دخالت قدرتهای بیگانه در منطقه از جمله امریکا که آشکارا کمک مالی در اختیار جدایی طلبان قره باغ قرار می دهد از جمله علل لاینحل ماندن مناقشه قره باغ است. بویژه اینکه دولت باکو نیز لبه دیپلماسی خود را متوجه غرب کرده است و غرب نیز بجای حل مناقشه قره باغ سعی دارد با کنترل و هدایت بحران, از این موضوع برای تغیرآرایش سیاسی و و ژئوپلتیکی منطقه علیه قدرتهای مخالف آمریکا در منطقه استفاده کند.
برای حل مناقشه قره باغ تاکنون دهها دور مذاکره در سطح روسای جمهوری آذربایجان و ارمنستان برگزار شده است و چندین طرح ارایه شده است و عمده طرحها از سوی گروه مینسک به ریاست فرانسه، روسیه و امریکا که از سال ۱۹۹۲ برای حل مناقشه قره باغ تلاش می کنند، ارایه شده اند. گروه مینسک ایتدا طرح یک مرحله ای مبنی بر آزادی اراضی اشغالی جمهوری آذربایجان را ارایه کرد که بعلت اشاره نشدن به آزادی دالان استراتژیک شوشا مورد پذیرش جمهوری آذربایجان قرار نگرفت. در طرح دیگر گروه مینسک موسوم به طرح دو مرحله ای یا باکت به آزادی ۹ شهر اشغالی در مرحله اول و دو شهر لاچین و شوشا در مرحله دوم و همزمان به تعیین سرنوشت قره باغ اشاره شده بود که تندرویان در ارمنستان نگذاشتند لئون ترپتروسیان رئیس جمهوری ارمنستان در سال ۱۹۹۷ این طرح را بپذیرد و وی را مجبور به استعفا کردند. طرح سوم گروه مینسک که در سال ۱۹۹۸ مطرح شده، طرح دولت عمومی است که به اعطاء شرایط بیش از خودمختاری و ظاهراً کمتر از استقلال به قره باغ تاکید می کند که ناقض تمامیت ارضی جمهوری آذربایجان است و از اینرو نیز مورد پذیرش باکو قرار نگرفته است. غیر از اینها طرح گوبل یا مبادله ارضی از سوی سناتور امریکایی مطرح شده است که بر اساس آن دالانی در طول جنوب ارمنستان در اختیار باکو قرار می گیرد تا پیوند ارضی جمهوری آذربایجان با نخجوان صورت گیرد و در مقابل باکو، قره باغ را واگذار کند. این طرح از جمله طرحهای امریکا برای تغییر چهره ژئوپلتیکی منطقه در شمال مرزهای ایران است. در حال حاضر نیز طرح اتحادیه اروپا مبنی بر آزادی پنج شهر اشغالی جمهوری آذربایجان در خارج از قره باغ شامل کلبجر، قبادلی، فضولی، آقدام و جبرئیل مطرح است که در مقابل فعالیت خط آهن جمهوری آذربایجان و ارمنستان و نخجوان از سرگرفته می شود. این طرح مورد قبول باکو است اما ارمنستان با تاکید بر لزوم حل یک مرحله ای مناقشه از پذیرفتن آن خودداری کرده است . در واقع ارمنسنان بر اجرای این طرح در قبال چشم پوشی باکو از قره باغ و دالانهای لاچین و شوشا تاکید دارد. آنچه مسلم است اینکه تطویل مناقشه قره باغ از لحاظ نظامی باعث رقابت تسلیحاتی، از لحاظ سیاسی باعث بی ثباتی حکومتها در کشورهای درگیرمناقشه، از لحاظ اقتصادی باعث کاهش سرمایه گذاری و از لحاظ اجتماعی پیامدهای منفی نظیر وجود یک میلیون آواره در جمهوری آذربایجان داشته است. مطمئنا این مناقشه با گفتگوی باکو و ایروان و بدون دخالت بازیگران خارج از منطقه و استفاده از پتانسیلهای منطقه ای قابل حل است. مجموع این مسائل در چارچوب تحقیق جامعی با عنوان «کنکاش در بحران قره باغ » از سوی گروه تحقیقات سیاسی شرکت تعاونی تحقیقاتی هادی پژوه بررسی شد است.